
Iste godine ponovo je u polufinalu Vimbldona igrao protiv Agasija koga je pobedio rezultatom 2–6, 6–3, 3–6, 6–2, 8–6. Sledeće godine je stigao do polufinala Australijan opena gde je poražen od Andrea Agasija u pet setova. U finalu je poražen od Pita Samprasa rezultatom 3–1 u setovima. Ovaj meč se smatra za jedan od najboljih u istoriji zbog različitih stilova igre ova dva tenisera. Na putu do finala pobedio je Andrea Agasija u polufinalu rezultatom 7–5, 4–6, 7–5, 4–6, 6–3.

U svoje prvo finale Vimbldona plasirao se 2000. Iste godine pobedio je u dublu na Otvorenom prvenstvu Australije sa Jonasom Bjerkmanom, čime je postao jedan od nekolicine tenisera u open eri koji je uspeo da tokom karijere osvoji grend slem titulu u singlu i dublu. Zbog problema sa ramenom Rafter je u prvom kolu Ju-Es opena morao da preda meč Sedriku Piolinu u petom setu. Na prvom mestu se zadržao samo nedelju dana, što je najkraće vreme koje je neki teniser proveo na toj poziciji. Naredne godine je stigao do polufinala Vimbldona gde je poražen od Agasija, međutim nakon ovog turnira dospeo je do prvog mesta ATP liste. osvojio je ukupno šest turnira a sezonu je završio na četvrtom mestu. U polufinalu Ju-Es opena pobedio je Samprasa u pet setova, dok je u finalu bio bolji od svog sunarodnika Marka Filipusisa. Ponovo je pobedio u Torontu i Sinsinatiju, a pored toga pobedio je i na turniru na Long Ajlandu, koji prethodi Ju-Es openu. je završio na drugom mestu ATP liste, iza Pita Samprasa. Iste godine Ju-Es openu je pobedio Andrea Agasija i Majkla Čenga a u finalu je bio bolji protiv Grega Rusedskog.

Te godine je na Rolan garosu stigao do polufinala, gde je poražen od Serži Brugere. to je bila jedina ATP titula koju je osvojio. Patrik Rafter je postao profesionalac 1991.
